筋肉痛になりやすい。背中の骨が体をくねるとボキボキボキとなるが、ならしてもいいのか心配

痛みなどを伴わなければ基本的には問題ありません。ただ、音が鳴るのは関節包内の衝撃波が原因と考えられ、あまり負荷をかけると靱帯や神経を痛めることもあり得ます。ストレッチングを丁寧にしてみてください（筋肉痛は自覚ないとのこと）。